Sesuai dengan Peraturan Bapepam-LK No. III.B.8 tentang Komisaris Lembaga Kliring Penjaminan dan menindaklanjuti hasil RUPS Tahunan KPEI tanggal 6 Juni 2008 dibentuklah Komite Audit. KPEI membentuk komite audit dengan tujuan membantu Dewan Komisaris dalam menjalankan fungsi pengawasan.

Tugas dan wewenang Komite Audit meliputi:

1. Melakukan penelaahan atas informasi keuangan yang akan dikeluarkan Perusahaaan
2. Memastikan ketaatan Perusahaan terhadap peraturan perundang-undangan yang relevan
3. Melakukan penelaahan atas pemeriksaan oleh Audit Internal
4. Memantau kinerja auditor eksternal dan memastikan kemandiriannya dalam menjalankan tugas

Keanggotaan Komite Audit Periode 2008-2010 adalah sebagai berikut

1. Sebastianus Harry Wiguna (Komisaris/Ketua)
2. Noeniek Herliani, SE, Ak., MM (Anggota)
3. Vonny Sulaimin